Biaya Pendidikan masuk Politeknik Manahijul Huda dibedakan menjadi :

1. Jalur Reguler, diperuntukkan bagi calon mahasiswa lulusan SMA/SMK/MA yang mendaftar melalui jalur umum.
2. Jalur Prestasi, diperuntukkan bagi calon mahasiswa dengan prestasi akademik atau non-akademik (olahraga, seni, keagamaan/tahfidz, kepemimpinan). Mendapat keringanan sesuai kebijakan PMB.

• Dana awal: Formulir Rp 100.000, Jas Almamater Rp 350.000.
• Per semester: BPP Gratis* tahun berjalan, Dana Kemahasiswaan Rp 150.000.
• Per bulan: Konsumsi Rp 550.000.
• BPP sudah termasuk: Dana pembangunan, SKS, UTS, dan UAS.
• Konsumsi sudah termasuk: Program mengaji kitab kuning, asrama, makan 2x sehari, dan minum.

*Mengikuti kebijakan PMB tahun berjalan.